Les thématiques des Groupes de Travail sont déterminées de façon collégiale, lors des réunions plénières. Les Groupes se créent et se ferment en fonction des besoins des membres, au regard du programme d’activités. Les Groupes de Travail sont ouverts à toute structure désireuse d’apporter sa contribution sur un projet, sans limite de participation, qu’elle soit signataire de la Charte de Fonctionnement ou non. Ces groupes ont pour objectif de faire remonter les attentes et réflexions des membres au coordinateur, afin d’orienter et de valider son travail de synthèse sur les différents sujets.
De 2004 à 2008, dix Groupes de Travail ont été instaurés. Ils ont concerné :
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le projet
de recensement des mares, 
