Le Comité de Suivi est constitué uniquement de signataires de la Charte de Fonctionnement, limité à 10 personnes et est renouvelable tous les ans.

C’est une sorte de comité de pilotage dont l’objectif est de valider les orientations du Groupe MARES tout en gardant une vision globale et arbitraire des objectifs fixés par le Groupe MARES. 

Il est ainsi amené à arrêter les programmes d'activités et budgets prévisionnels, au regard des projets proposés par les membres du Groupe et des possibilités financières, ainsi qu'à valider les orientations prises par le coordinateur et les différents Groupes de Travail.

Les partenaires techniques et financiers du Groupe MARES sont systématiquement invités à participer aux réunions du Comité de Suivi.

Le Comité de Suivi actuel a été constitué lors de la réunion plénière du 23 octobre 2007.